Publicado 25/03/2020 10:02:06 +01:00CET

COMUNICADO: Investigadores italianos identifican nuevas variantes genéticas de SARS-CoV-2 (1)

Investigadores italianos identifican nuevas variantes genéticas de SARS-CoV-2 que dan claves acerca de la epidemiología del coronavirus

Los científicos comentan que los primeros datos, generados con el panel de investigación NGS de Thermo Fisher Scientific, sugieren que el coronavirus se mantiene genéticamente estable lo que aumentaría la eficacia de las vacunas en desarrollo.

CARLSBAD, California, 25 de marzo de 2020 /PRNewswire/ -- Dos equipos de investigadores en enfermedades contagiosas de Italia comentan que han analizado a fondo el genoma de SARS-CoV-2 de dos muestras adquiridas localmente para generar los primeros datos que revelan un nivel de variabilidad genética y que sugieren que el genoma de este virus tan contagioso es estable. Las conclusiones, que se han desarrollado usando un nuevo análisis de secuenciación de la siguiente generación (NGS por sus siglas en inglés) de Thermo Fisher Scientific [https://c212.net/c/link/?t=0&l=es&o=2760093-1&h=1180841321&u...], aumentan la probabilidad que vacunas futuras contra coronavirus puedan tener una mayor tasa de eficacia y ayudar en la labor de la comunidad científica global para entender mejor la epidemiología y la propagación de COVID-19.

Los dos equipos independientes de investigación del Instituto Nacional de Enfermedades Contagiosas "Lazzaro Spallanzani" (IRCSS) en Roma y el Departamento Forense del Departamento de Ciencias Biomédicas y Salud Pública (DSBSP) del hospital universitario de Ancona han secuenciado múltiples muestras e identificado la presencia de variantes genéticas cuando se comparan con el genoma de referencia del coronavirus original de Wuhan. Es difícil desarrollar vacunas efectivas que protegen a la gente contra infecciones de virus que mutan rápidamente en poco tiempo. El bajo número de variantes descubiertas en las muestras italianas dos meses después de la primera secuenciación del virus en China sugiere que SARS-CoV-2, que ha infectado a una estimación de 64 000 personas en Italia y 380 000 personas en todo el mundo, es un patógeno de mutación lenta relativa. Ambos equipos en Italia llevaron a cabo la secuenciación con el nuevo panel de investigación Ion AmpliSeq SARS-COV-2 [https://c212.net/c/link/?t=0&l=es&o=2760093-1&h=3685920374&u...] de Thermo Fisher, que incluye un flujo de trabajo disponible las 24 horas del día, extremo a extremo.

"La capacidad de ejecutar múltiples secuencias con rapidez y descifrar con exactitud cambios clave en el código genético del virus será crucial para que la comunidad científica global lleve la delantera a SARS-CoV-2 y desarrollen estrategias contra el mismo que, a la larga, se pueda aprovechar para ayudar a solucionar la pandemia", comentó la Dra. Maria Rosaria Capobianchi, jefa del Departamento de Virología, Instituto Nacional de Enfermedades Contagiosas Lazzaro Spallanzani, el primer centro de investigación de Europa que generó datos completos de secuenciación del genoma del coronavirus con la plataforma NGS Ion Torrent de Thermo Fisher. "Los genomas virales son dinámicos y se tiene que analizar a fondo estos datos preliminares para determinar la importancia biológica de las variantes genéticas e investigar la ruta evolutiva del coronavirus".

El profesor Stefano Menzo, jefe de Virología del hospital universitario Ancona, comentó: "De haber investigado otros virus, esperaríamos tener docenas de mutaciones nuevas tras tantos ciclos de contagio en pacientes. Los primeros datos muestran que se trata de un virus ARN muy estable, con solo cinco variantes novedosas. Es una buena noticia tener un virus con un genoma estable para el desarrollo de vacunas ya que indica que la eficacia de la vacuna será más consistente, posiblemente durante muchos años".

Ahora, los científicos planifican analizar los datos con la nueva solución de análisis Ion SARS-CoV-2* de Thermo Fisher para anotación de variantes y consenso en el conjunto de secuenciación para entender mejor el impacto en la gravedad de la enfermedad, el modo de transmisión y estudios filogenéticos. El panel de investigación Ion AmpliSeq SARS-CoV-2 es una solución NGS enfocada que secuencia todo el genoma de SARS-CoV-2. Es un flujo de trabajo eficaz, de alto rendimiento, extremo a extremo ideal para supervisar la evolución genómica, algo vital en una pandemia de desarrollo rápido. El panel se ha optimizado para ejecutarse con el sistema Ion GeneStudio S5 [https://c212.net/c/link/?t=0&l=es&o=2760093-1&h=2821766411&u...].*

Optimización del panel del sistema Genexus en cursoPara acelerar más el análisis NGS de SARS-CoV-2 y ayudar con la creciente demanda de los clientes, Thermo Fisher ha empezado a optimizar el panel de investigación de Ion AmpliSeq SARS-CoV-2 del sistema Ion Torrent Genexus [https://c212.net/c/link/?t=0&l=es&o=2760093-1&h=704949580&u=...].* Comercializado en noviembre de 2019 [https://c212.net/c/link/?t=0&l=es&o=2760093-1&h=289450860&u=...], la nueva plataforma de secuenciación de la compañía automatiza el flujo NGS enfocado y puede ofrecer muestras para informes en poco tiempo, 14 horas. La optimización y validación del panel de investigación del sistema Genexus está en curso en colaboración con los clientes de Thermo Fisher.

"La respuesta inmediata de Thermo Fisher para desarrollar el análisis un diagnóstico PCR para SARS-CoV-2** y una solución de investigación de secuenciación de la siguiente generación para ayudar a los clientes a investigar el coronavirus es vital para nuestra misión", comentó Peter Silvester, vicepresidente sénior y presidente de Soluciones de ciencias biológicas de Thermo Fisher Scientific. "Compartimos el mismo nivel de preocupación que la comunidad global durante esta crisis de salud pública sin precedentes. Por eso seguimos maximizando nuestra labor para ofrecer a nuestros laboratorios asociados, investigadores de enfermedades contagiosas y desarrolladores de vacunas con las herramientas más avanzadas para ayudarles con su importantísimo trabajo".

(CONTINUA)

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